Sommige HR-systemen hanteren een afdeling-werknemer hiërarchie en geen manager-werknemer hiërarchie, met als resultaat dat niemand precies weet aan wie hij of zij moet rapporteren. Ook lopen er soms meerdere hiërarchieën door elkaar heen: een producthiërarchie, een landhiërarchie, een kennishiërarchie, etc. Dan is de verwarring nog groter. My-Orgchart kunnen we meestal uitbreiden met een "hiërarchie-afleidingsprogramma", waarmee we de alternatieve hiërarchieën kunnen afleiden en in beeld kunnen brengen.